湖里区是厦门市为适应改革开放、特区建设形势发展的需要，于1987年11月新成立的一个行政区。

　　1979年11月，中央决定在厦门设置社会主义经济特区。1980年7月，经福建省、厦门市协商研究，划定厦门岛上西北部禾山乡湖里大队2.5平方公里为特区范围，由福建省厦门经济特区管理委员会下属的特区工程建设指挥部负责征地，进行“五通一平”、营建厂房、道路，管委会也同时开始了对外宣传和招商引资。1984年3月，中央决定把厦门经济特区扩大到全岛（包括鼓浪屿）；1985年 8月，又赋予厦门经济特区逐步实行自由港的某些政策，并酝酿设置特区管理线。这样就有必要将原属郊区（区政府在岛外集美镇）管辖的禾山乡划归市区管理。

　　1987年7月，国务院（87）104号文批复撤销厦门市郊区和湖里工业管理局，在厦门岛北部增设湖里区。1987年11月湖里区正式成立，隶属厦门管辖。

　　2004年6月，福建省人民政府批复撤销禾山镇，设立禾山、江头和金山3个街道办事处。