截至2019年9月30日，湖里辖区内共有医疗机构415家，其中市（属）管医疗机构25家，包括三级综合医院1家（复旦中山厦门医院）、专科医院5家（厦门市中医院、厦门市口腔医院、厦门市儿童医院、厦门市仙岳医院、厦门大学附属厦门市心血管病医院）、民营专科医院5家（厦门大学附属厦门眼科中心、厦门弘爱医院、厦门科宏眼科医院、厦门光亮骨伤科医院、厦门莲花医院后埔院区）、社区卫生服务中心14家（中心5家、分中心2家、服务站7家）；区管医疗卫生机构 390家，其中区属医疗机构1家（区妇幼保健院），民营一级综合医院6家，门诊部108家，诊所 191家，村卫生所 20家，学校、企业等内设卫生机构 64家；共有病床数 4929张（千人床位数4.75张）、医师 3389人（千人医师数3.26人）、护士数4587人（千人护士数 4.42人）。

　　截至2019年9月30日，完成免费孕前优生健康检查2813人，孕检覆盖率52.68%。家庭医生签约106664人，签约覆盖率达31.45%；其中重点人群签约为：65岁以上老年人签约15593人，签约覆盖率达59.27%；老年人续签率达81.31%；高血压续签率达81.85%；糖尿病续签率达84.02%。